Нью-Йорк оказался на грани отчаяния, когда Шреддер и его грозный Клан Футов установили железный контроль над городом, оставив жителей без надежды. Но из глубин канализации выходят четыре брата-изгоя, которые призваны спасти город: Черепашки-ниндзя.

Во главе с Леонардо, мастером стратегии, Рафаэлем, горячей головой команды, Донателло, гением изобретателем, и Микеланджело, душой компании и юмористом, Черепашки-ниндзя объединяются с бесстрашной репортершей Эйприл О'Нил и ее саркастичным оператором Верном Фенвиком.

Вместе они возьмутся за выполнение опасной миссии по спасению Нью-Йорка от Шреддера. Разгадав его коварный план, они должны сразиться с непобедимым кланом Футов, а также преодолеть свои собственные внутренние конфликты, чтобы одержать победу над силами зла и восстановить надежду для города.