В годы Второй мировой войны, ожесточенные морские сражения разворачиваются в водах Тихого океана. После гибели своей субмарины в битве за Перл-Харбор капитан Ричардсон жаждет отомстить японцам. Ему предоставляется такая возможность, когда он возглавляет экипаж субмарины "Нерка", члены которой не разделяют его стремления к мести.

Несмотря на сопротивление команды, Ричардсон настойчиво проводит учения по погружению, готовя экипаж к будущему противостоянию. Эти учения впоследствии сыграют решающую роль в сражении, когда экипаж "Нерки" продемонстрирует исключительную слаженность и виртуозное маневрирование под водой.

Сплотившись в боях, экипаж "Нерки" добивается впечатляющих успехов, топя вражеские корабли и внося значительный вклад в победу союзников. Фильм "Идти тихо, идти глубоко" - это захватывающий рассказ о мужестве, товариществе и силе человеческого духа в условиях войны.