В мегаполисе Нью-Йорк Черепашки-ниндзя переживают перемены: их враг Шредер повержен, а семья распалась. Но недолго длится мир, ведь техноиндустриалист Максимилиан Уинтерс с помощью мистических сил готовит страшную армию.

Сплинтер, сенсей черепашек, ощущает надвигающуюся угрозу, требующую срочного воссоединения его учеников. Вместе с верными союзниками Эйприл О'Нил и Кейси Джонсом они должны противостоять коварному клану Фут, который поддерживает амбиции Уинтерса.

Опасность грозит жизням черепашек. Они должны вновь продемонстрировать свои впечатляющие навыки ниндзя и сохранить единство перед лицом надвигающейся тьмы. Только вместе они могут одолеть врагов и защитить свой город.