Мотоко Кусанаги и её недавно сформированный Девятый отдел общественной безопасности берутся за расследование опасного дела. Их цель — найти источник и остановить распространение загадочного вируса «Поджигатель», который представляет серьёзную угрозу, выводя из строя кибернетические мозги. В этом новом задании команде предстоит столкнуться с сложными киберпреступлениями и проверить свою сплочённость в мире, где грань между человеком и машиной практически стёрта.