Мотоко Кусанаги и её напарник Бато вступают в противостояние с опасной террористической группировкой, известной под знаком Сциллы. Параллельно детектив Тогуса ведёт расследование загадочного убийства, ключевой уликой в котором оказывается высокотехнологичный протез ноги, произведённый корпорацией «Нога Русалки». Эти на первый взгляд разрозненные дела постепенно начинают переплетаться, выводя оперативников на след масштабного заговора в недрах кибернетического общества.