На рассвете высокотехнологичного будущего Мотоко Кусанаги и ее группа специального назначения сталкиваются с коварной террористической ячейкой, известной как Сцилла. Одновременно инспектор Тогуса расследует загадочное убийство, которое связывают с корпорацией киберпротезирования "Нога Русалки".

В это неспокойное время Мотоко и ее товарищи должны проникнуть в сердце Сциллы, чтобы обезвредить их планы. Тем временем Тогуса прослеживает ниточки, которые ведут к темному миру секретов и предательства. Их параллельные расследования сплетаются в смертельную игру, где на карту поставлена судьба кибернетического общества.

По мере того, как битвы становятся более интенсивными, Мотоко и ее команда должны преодолеть свои собственные демонов и столкнуться с истинным лицом терроризма. А Тогуса должен разгадать тайну, скрывающуюся за протезом Ноги Русалки, чтобы раскрыть масштабы заговора, угрожающего самой основе их общества.