В сериале "Черепашки-ниндзя: Новая мутация" мутировавшие черепахи-ниндзя выступают защитниками справедливости. Господин Чанг, мудрый наставник героев, намеревается противостоять злобному Лорду Дракону, полагаясь на невероятную силу черепашек.

Однако трагическая болезнь подкашивает господина Чанга. Он поручает дочери Вайнесс объединить черепашек для борьбы против врага и спасения Сплинтера. Вайнесс излагает план, требующий обучения в таинственном Королевстве Мечты.

Героям удается отыскать Сплинтера. Однако по возвращении они сталкиваются с устрашающим Лордом Драконом и его армией. Перед черепашками-ниндзя встает решающий выбор: вступить в неравный бой или обречь человечество на гибель от рук коварного злодея?