На военном судне «Эгида», прототипе настоящего корабля Министерства обороны Японии, обнаружено бездыханное тело представителя сил самообороны. Возникли опасения о шпионаже на борту.

На место преступления прибывает одаренный юный детектив Конан, чтобы распутать загадку. Обстоятельства складываются необычно. Единственным свидетелем оказывается капитан корабля, который по стечению обстоятельств во время инцидента находился в бессознательном состоянии после нападения.

Конан погружается в расследование, изучая улики и допрашивая членов экипажа. С каждым шагом он приближается к правде, но угроза надвигается все ближе. По мере продвижения расследования Конан выясняет, что это дело связано с секретной миссией, о которой знают лишь немногие.

С высокими ставками и ограниченным временем Конан объединяет свои дедуктивные способности и смекалку, чтобы раскрыть заговор и найти убийцу, угрожающего безопасности Японии.