В далеком будущем, когда Земля была уничтожена инопланетными захватчиками, выжившие земляне нашли убежище на космическом корабле "Сидония". Этот гигантский корабль стал домом и последней надеждой человечества. Однако судьба повернулась против них, когда появились грозные пришельцы гауна, жаждущие уничтожить последних представителей человечества.

В этой отчаянной борьбе за выживание члены экипажа "Сидонии" должны объединить свои силы, используя гигантских роботов, известных как "Гардизы", чтобы защитить свой дом от неминуемого вторжения. Под руководством решительного капитана и одаренного пилота Нагато Синъичи, экипаж вступает в смертельную схватку с могущественными инопланетными силами.

По мере того, как разворачивается битва, раскрываются секреты прошлого "Сидонии" и происхождения гауна. Жизнь каждого члена экипажа висит на волоске, поскольку они сражаются за судьбу человечества. В руки Нагато и его товарищей вверен последний оплот человечества, и их победа может стать разницей между выживанием и вымиранием.