В анимационном фильме "Прощай, Галактический экспресс 999: Терминал Андромеды" юный Тэцуро отчаянно ищет мести графу Мекке за убийство его матери. Когда он проникает на планетарную станцию "Мегаполис", откуда отправляется Галактический экспресс 999, его замечает полиция механических людей и пытается поймать.

К счастью, Тэцуро встречает загадочную Мейтел, которая спасает его от преследования. Вместе они отправляются в невероятное путешествие на борту Экспресса. По пути Тэцуро узнает, что Галактика скрывает множество тайн и опасностей, и что месть может не принести ожидаемого удовлетворения.

Сопровождаемый Мейтел и другими колоритными персонажами, Тэцуро бросает вызов опасностям космоса и сталкивается с истинными мотивами графа Мекки. В захватывающем завершении этого космического эпоса Тэцуро должен сделать выбор, который определит его судьбу и будущее Галактики.