В XVI веке двое португальских иезуитов отправляются в Японию, где христианство находится под строжайшим запретом. Их миссия — найти местные тайные общины верующих, которые жестоко преследуются властями, и узнать судьбу своего пропавшего без вести наставника. Столкнувшись с невообразимыми испытаниями, священникам предстоит сделать мучительный нравственный выбор между верой, долгом и состраданием.