В эпоху генетических чудес, когда Координаторы, люди с улучшенными способностями, вступили в конфликт с Натуралами, разразилась война. В водоворот столкновений попал Кира Ямато, подросток-Координатор.

Скрываясь от преследований, Кира оказывается вовлечен в битву на стороне Натуралов. Вместе с гигантским боевым роботом GUNDAM он борется за мир.

Несмотря на разницу между Координаторами и Натуралами, Кира стремится преодолеть пропасть. Он верит, что объединение людей, независимо от их происхождения, является единственным путем к прекращению войны.

Вместе с группой верных товарищей Кира сталкивается с трудностями, предательствами и, в конечном счете, с выбором между судьбой, уготованной ему его генетическим кодом, и его собственными идеалами.