Академия, город света и разума на юге Японии, кажется островком спокойствия, но это лишь видимость. За кулисами учёные, не стеснённые моралью, готовят своих подопечных-эсперов к грядущим столкновениям, где сила решает всё. Микото Мисака сталкивается с призраками прошлого, и чтобы разобраться в этом, ей придётся заглянуть за грань привычного добра и зла. Она обнаруживает, что в городе уже давно идёт тайная война с множеством участников. К счастью, её легендарная рейлган и решительный характер помогают находить общий язык с кем угодно — от опасных противников до новых неожиданных союзниц.