Действие этого анимационного сериала разворачивается в XXVI веке, после того как смертельный вирус унёс жизни 99% человечества. На опустошённой планете выжили лишь два антагонистических государства: анархистская Моника и тоталитарная Бренна, управляемая учёным-диктатором Тревором Гудчайлдом. Секретная агентка Эон Флакс, жительница Моники, получает задание устранить правителя Бренны, что приводит к опасному противостоянию в этом мрачном футуристическом мире.