В футуристическом 2029 году, где кибернетика позволила людям заменить части тела на роботизированные протезы, Майор Мотоко Кусанаги берется за расследование дела таинственного хакера, известного как Кукловод.

Как агент Девятого отдела общественной безопасности, Мотоко сталкивается с коррупцией и технологической пропастью между людьми и киборгами. Во взаимодействии с Духом Майор раскрывает, что Кукловод обладает способностью взламывать не только кибернетические тела, но и человеческий разум.

В захватывающей погоне с высоким уровнем ставок Мотоко и ее команда сталкиваются с нравственными дилеммами, ведь они вынуждены сражаться с врагом, который может находиться как внутри, так и снаружи их собственных тел. Фильм исследует темы идентичности, свободной воли и последствий технологического прогресса на человеческое общество.