В фильме "Проект Нострадамус" детектив Майкл Ностранд расследует загадочную серию убийств, которая приводит его и агента ФБР Люси Хадсон к древнему культу под названием "Шестой Орден". Преследуя подозреваемого, Майкл оказывается в прошлом, во Франции XVI века, во времена инквизиции и чумы. Он раскрывает секрет личности Нострадамуса и узнает о планах "Шестого Ордена" развязать Апокалипсис.

В распоряжении Майкла оказывается ключ, способный предотвратить или вызвать глобальную катастрофу. Вернувшись в настоящее с помощью машины времени Леонардо да Винчи, он обнаруживает, что его не помнят, кроме Люси. Вместе они вступают в решающую битву за будущее, противостоя "Шестому Ордену" и их планам вызвать Армагеддон.