В "Детективе Конане 12" трагические события разворачиваются вокруг Реико Акибы, известной оперной певицы, чей жених был убит много лет назад. Через много времени пронзительный слух отца убитого, Фувы, становится причиной смерти всех причастных к преступлению.

Действие переносится в Академию Домото, где Реико должна выступить на открытии нового концертного зала. Однако коварный Фува установил 24 бомбы в здании. Конан и Реико объединяются, чтобы найти и обезвредить последнюю, 24-ю бомбу, прежде чем она уничтожит всех присутствующих.

В ходе расследования Конан обнаруживает, что Рейчел, менеджер Реико, обладает уникальной способностью распознавать странную манеру игры на гитаре Кудо Шинчи. Эта подсказка приводит к разоблачению настоящих мотивов Фувы и предотвращению катастрофы.