События этого сиквела разворачиваются спустя четырнадцать лет после окончания оригинальной истории первого «Гандама». Легендарный пилот Чар Азнабель, известный как Красный Комета, замышляет новую атаку на Землю, намереваясь сбросить на планету огромный астероид. Его безумный план грозит уничтожением всему человечеству. Противостоять старому противнику вновь предстоит Амуро Рэю и ветеранам экипажа «Белой Базы», которые вступают в решающую схватку за будущее Земли.