В волшебном мире "Эль-Хазард" некогда процветала древняя цивилизация, оставив после себя артефакты и оружие невообразимой силы. Когда-то эти войны бушевали и за пределами "Эль-Хазарда", но в конечном итоге привели к самоуничтожению великой цивилизации.

В настоящее время мир населяют люди, разумные жуки багромы и народ тени. Империя Роштария владеет мощным артефактом "Око Бога", удерживая хрупкий мир. Народ тени, застрявший в "Эль-Хазарде" из-за древней войны, сеет раздор, стремясь спровоцировать людей и багромов на конфликт.

В параллельном мире, под школой Макото Мидзухары, обнаруживаются древние руины. Макото встречает Ифуриту, таинственную девушку, ожидающую его прибытия в течение десяти тысяч лет. Вместе с одноклассниками и учителем, Макото перемещается в "Эль-Хазард", где каждый наделяется уникальными способностями.

Узнав о "Оке Бога", Макото осознает, что это оружие может стать ключом к его возвращению домой. Он и его спутники присоединяются к Роштарии, чтобы использовать артефакт для путешествий между мирами, но впереди их ждут опасности и испытания в этом удивительном и полном приключений мире.