В фильме "Скуби-Ду 3: Тайна начинается", где сливаются воедино фэнтези, комедия и детектив, рассказывается захватывающая история о формировании легендарной "Корпорации Тайна".

Во время таинственного ночного происшествия в доме Шегги Роджерса Скуби-Ду врывается к нему, положив начало их крепкой дружбе. На следующее утро Шегги представляет Скуби своим друзьям Фреду Джонсу, Дафне Блейк и Велме Динкли, положив основу для команды охотников за привидениями.

Подпитываемые своей страстью к сверхъестественному, они погружаются в расследование таинственных событий в своем колледже. Легенды о призраках давно преследуют это учреждение, и теперь, будучи отстраненными от учебы, друзья решают докопаться до истины. С каждым открытием они приближаются к разоблачению зловещего заговора, стоящего за паранормальными явлениями, которые угрожают самому существованию их дружбы.