В разгар Великой Отечественной войны советские моряки-пограничники вступают в схватку с вражеской подлодкой, вторгшейся в советские воды. Ценой героизма спасается экипаж сбитого советского самолета, обнаружена и захвачена фашистская лодка. Не вернувшийся из разведки командир и тяжело раненный матрос найдены в прибрежной пещере юной патриоткой Катей и ее подругой.

Моряки-пограничники демонстрируют беззаветную преданность Отчизне, отвагу и смекалку в борьбе с врагом. А юные патриотки вносят неоценимый вклад, рискуя жизнью ради победы.

Фильм "Морской охотник" - это гимн мужеству и самоотверженности советских людей, отстоявших свободу своей Родины.