На отдаленном острове, покрытом радиацией, местные жители столетиями поклонялись гигантской бабочке Мотре и ее огромному яйцу. Но судьба распорядилась иначе, когда разрушительный тайфун выбросил яйцо в открытое море. Яйцо было обнаружено японскими рыбаками, а затем оказалось в руках безжалостной корпорации, которая превратила его в туристический аттракцион.

Оскорбленная Мотра, сопровождаемая своими мифическими хранителями, умоляла вернуть яйцо, но корпорация отказалась. Ярость Годзиллы вновь обрушилась на Японию, и перед лицом надвигающейся угрозы люди осознали свою ошибку. Они молили Мотру о помощи, и величественная бабочка откликнулась на их зов. В грандиозном сражении Мотра и Годзилла столкнулись на улицах Токио, защищая честь и судьбу нации.