В 2034 году, спустя два года после ухода Мотоко Кусанаги из 9 отдела, Тогуса возглавляет расширенную команду, которая сталкивается с рядом сложных инцидентов. Расследование раскрывает причастность хакера по имени Кукольник, который искусно манипулирует инцидентами.

9 отдел постепенно раскрывает сеть загадочных событий, которые сводятся воедино как части мастерски спланированного плана. Они задаются вопросом, кем является Кукольник, какое влияние это оказывает на отношения Бато с Мотоко и какие темные секреты скрывает это тщательно продуманное преступление.

По мере раскрытия тайн вокруг Сообщества стабильной государственности, 9 отделу предстоит столкнуться с непредсказуемыми поворотами сюжета и раскрыть истинный масштаб и последствия действий Кукольника. Их решимость и преданность делу приводят их к эпическому противостоянию, где они должны преодолеть бесчисленные препятствия, чтобы защитить свою страну и раскрыть правду.