Во втором сезоне "Школьных войн: Судьба Дракона" в центре внимания оказываются три академии, каждая из которых возглавляется будущим носителем древнего духа дракона. Они вступают в смертельную схватку, чтобы определить победителя.

Сосо Мотоку, лидер школы Кёсё, захватывает власть, подчиняя себе округ и жестоко расправляясь с противниками. Единственными соперниками, способными ему противостоять, являются академии Сэйто и Наньо. Но у них есть не только отважные воины, но и внутренние проблемы.

Руководитель Сэйто, Рюби Гэнтоку, унаследовала кровь дракона Рюби, однако она не склонна к насилию и обожает читать. Глава Наньо, Сонсаку Хакуфу, известная из первого сезона, смела и сильна, но не слишком сообразительна.

Смогут ли преданные друзья и мудрые учителя помочь девушкам раскрыть свой потенциал и одержать победу? К тому же, становится известно, что ключ к победе может находиться в загадочном артефакте под названием "Драконий нефрит".