Обвинённый в убийстве и вынужденный скрываться, Сёго Яхаги отчаянно пытается выйти на связь с суперкомпьютером ЕВА. От этого зависит судьба всех жителей гигантского города-корабля «Мегазона 23», который подвергается атаке инопланетной расы дезалгов. Чтобы спасти тысячи жизней, Сёго должен раскрыть правду и найти способ остановить вторжение, пока не стало слишком поздно.