В "Евангелионе 3.33: Ты" Синдзи пробуждается от комы и обнаруживает себя закованным в сдерживающий ошейник. Мир, который он знал, изменился: его друзья и союзники теперь сражаются против NERV в организации WILLE.

Прошло 14 лет после Третьего удара, но проклятие "Евы" оставило пилотов подростками. Синдзи узнает, что Мисато утверждает, что Рэй мертва, но на деле она находится на передовом боевом роботе "Марк" и освобождает Синдзи из линкора WILLE.

Присоединяясь к WILLE, Синдзи оказывается втянут в битву против NERV и загадочных Ангелов. Узнавая о своем прошлом и последствиях своих действий, он должен сражаться за будущее мира и за судьбу человечества.