В "Индексе волшебства 2" Тома Камидзё, герой, спасший мир, столкнулся с амнезией. Однако его жизнь принимает неожиданный оборот, когда Индекс, загадочная девочка-ведьма, вновь врывается в его жизнь.

В Академгороде, городе где переплетаются наука и магия, Тома и его друзья сталкиваются с новыми приключениями. Английские рыцари, римские католики и японские заговорщики вступают в схватку за запретные книги.

Между тем, темные силы стремятся поколебать основы мироздания. Ученые проводят безжалостные эксперименты, а тайные общества эсперов готовятся к сражению.

Тома, Мисаки, Акселератор и другие герои оказываются в эпицентре этих событий. Они должны противостоять злу, разгадывать тайны и защищать город, в то время как судьба мира висит на волоске.