В третьем сезоне «Стальной тревоги» отряд «Мифрил» продолжает свою миссию по борьбе с терроризмом и урегулированию конфликтов. Поскольку непосредственная угроза жизни Тидори Канаме, кажется, миновала, командование начинает сомневаться в целесообразности дальнейшего пребывания рядом с ней опытного бойца Сагары Соске — он мог бы принести больше пользы на поле боя и в испытаниях робота «Арбалет». Тем временем главные герои заканчивают школу, и Сагара впервые серьёзно задумывается о своём будущем и жизненном выборе.