Нео, Тринити и Морфеус возглавляют восстание человечества против безжалостной армии машин. Теперь на кону стоит свобода, а само выживание расы: подземный город Зион, последнее убежище людей, наконец обнаружен, и до его уничтожения остаются считанные часы. Чтобы предотвратить истребление, героям предстоит проникнуть в самое сердце виртуальной реальности и перезагрузить Матрицу изнутри. Участие в этой отчаянной миссии заставляет Нео по-новому взглянуть на свою роль: он постепенно осознаёт, что его способности не случайны, а сама его судьба неразрывно связана с будущим человечества. Каждый шаг через цифровой мир требует полной отдачи, в ход идёт не только арсенал превосходного оружия, но и выдающиеся навыки, отточенные в боях. Однако путь к спасению лежит через бесчисленные копии агента Смита, который после первой битвы обрёл пугающую самостоятельность и превратился в угрозу не только для людей, но и для самой системы. В оставшиеся часы героям предстоит найти Ключника и добраться до Истока, чтобы дать Зиону шанс на спасение.