В продолжении криминальной драмы "Настоятель 2" отец Андрей, несмотря на бурное прошлое, продолжает духовную службу. Прошлое неотступно следует за ним в лице Ивана Денисова, некогда правой руки Андрея. Иван, сломленный жизнью, ищет спасения в городе, где когда-то властвовал его друг.

Отец Андрей, несмотря на неодобрение, протягивает руку помощи Ивану, помогая ему начать все заново. Однако судьба преподносит неожиданный поворот. В город прибывают бандиты из Санкт-Петербурга, намеревающиеся свести счеты с Иваном. Верный своим принципам, отец Андрей вынужден вновь взяться за оружие, чтобы защитить друга, его возлюбленную Катю и ее сына Гришку.

В этом фильме затрагиваются вечные темы добра и зла, искупления и ответственности. Отец Андрей, стремясь исправить ошибки прошлого, оказывается перед нелегким выбором: следовать ли по пути насилия или оставаться верным своему духовному призванию.