В этом мире Цветок сердца оберегает Дерево Сердец, и его защита ложится на легендарных воительниц Pretty Cure. Но после поражения одной из защитниц, Кюа Мунлайт, дерево теряет часть своих цветов, и мир начинает ощущать слабость. Две феи Шиппуре и Коффуре отправляются на Землю, чтобы найти новых героинь и вернуть гармонию. На чужой планете они встречают застенчивую Цубоми Ханасаки, только что переехавшую к семье в новый город и увлечённую цветами. Её судьба меняется, когда к ней присоединяется Эрика Куруми, и вместе они становятся Pretty Cure, вступая в борьбу с Пустынными Апостолами. Эти противники деформируют увядшие сердца людей в монстров Дезатории, заставляя героинь действовать быстро и решительно. С каждой победой над очередным чудовищем воительницы получают Семена Сердец, важный шаг к восстановлению Дерева Сердец. В ходе пути героини учатся доверять друг другу и распознавать истинную силу дружбы, которая поддерживает их в трудные моменты боя. Опасности растут: каждое столкновение несет риск утраты не только воли, но и собственной веры в добро. В их руках оказывается ключ к возвращению цветения Древа Сердец, и каждое решение может стать последним для мира вокруг. По мере развития сюжета становится ясно, что за Пустынными Апостолами прячется нечто большее, чем простая угроза, и судьба города тесно переплетается с исправлением потерянных цветов. Героини осознают, что Семена Сердец служат не только восстановлению, но и подтверждению их собственной роли как стражей, способных сберечь надежду в самых трудных ситуациях. В финале они сталкиваются с выбором, который требует не оружия, а глубокой веры в себя и окружающих, и именно эта вера становится ключом к возвращению Дерева Сердец к полному цветению.