Едва оправившись от битвы с Крэнгом, юные Черепашки-ниндзя сталкиваются с совершенно новой угрозой из будущего. Незнакомец, называющий себя Эйприл О'Нил, прибывает из далекого будущего, чтобы призвать Черепашек на помощь в борьбе с могущественным инопланетным монстром, который пришел, чтобы поработить Землю.

Несмотря на то, что Эйприл принадлежит к другому поколению, Черепашки быстро принимают ее в свой круг и решают вместе встать против этой опасности. Под предводительством Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело объединяют свои силы, чтобы противостоять врагу.

Вооружившись новейшими технологиями будущего и своей непоколебимой решимостью, Черепашки и Эйприл отправляются в захватывающее приключение. Их путь полон опасных битв, остроумных загадок и неожиданных союзов.

Пережив трансформацию, Черепашки вырастают как воины и как команда. Их связи закаляются, а их навыки достигают новых высот. Но самое главное, они узнают, что даже в самых сложных ситуациях их дружба и преданность друг другу помогут им преодолеть любые препятствия.