Команда Скуби-Ду отправляется в захватывающее путешествие в Японию, где им предстоит принять участие в турнире по боевым искусствам. Однако их беззаботный настрой резко меняется, когда на острове появляется армия загадочных ниндзя под предводительством призрака Черного самурая.

В ходе расследования Скуби-Ду и его друзья обнаруживают, что злобный дух замышляет похитить свиток судьбы, древний артефакт, обладающий невероятной силой. Теперь команда отважных детективов должна применить свои экстрасенсорные способности, чтобы разгадать тайну, помешать планам Черного самурая и спасти мир от катастрофы.

Скуби-Ду и его верные напарники Фредди, Дафни, Велма и Шегги столкнутся с древними воинами, хитрыми ловушками и потусторонними силами. Им предстоит раскрыть правду о призрачном призраке и предотвратить страшную судьбу, которая угрожает не только Японии, но и всему миру.